Het gebouw is de oudste koepelkerk in de Lage Landen en werd ingewijd in 1627 door de aartsbisschop van Mechelen, Jacobus Boonen. De kerk werd tot basiliek verheven in 1922 en is sinds 1952 een beschermd monument.

Ze werd gebouwd op initiatief van de aartshertogen Albrecht van Oostenrijk en Isabella die vlak tegenover de basiliek in het nog bestaande huis "het Gulden Vlies" verbleven tijdens hun bezoeken aan Scherpenheuvel. Bij de inwijding offerde Isabella juwelen op de altaartrappen. Ze wilde hiermee aantonen dat aardse goederen niet het belangrijkst zijn.